Что делать, если штраф был оплачен, но не погас (числится неоплаченным)?

Процедура практически ничем не отличается от обжалования. В заявлении нужно написать, что штраф был оплачен, приложить к нему квитанцию об оплате и попросить проставить отметку о погашении. См. раздел Как обжаловать/оспорить штраф?